Pompey rút lui từ Pharsalus sang Ai Cập. Ở đây ông bị pharaoh Ptolemaios XIII Theos Philopator sai người ám sát. Pompey chịu nhiều nhát đâm trên lưng và bị chặt đầu, xác ông bị thiêu còn thủ cấp được đem gửi cho Ceasar như là quà tặng từ vua Ai Cập nhưng Caesar không xem đó là chiến lợi phẩm, ông cho thiêu chiếc đầu của vị tướng xấu số và bày tỏ lòng thương tiếc. Ptolemaios XIII Theos Philopator bấy giờ được 15 tuổi và có một chị gái đồng cai trị nhưng đang tiếm quyền là Cleopatra, 21 tuổi, người sau này tạo nên mối tình lãng mạn với Caesar, khi ông tới Ai Cập định giúp Ptolemaios XIII giành lại ngai vàng. Cuộc diện kiến bí mật với vị nữ hoàng trẻ khiến Caesar thay đổi ý định, ông chính thức đưa Cleopatra lên làm Pharaoh.

Caesar phát động cuộc nội chiến với Viện Nguyên Lão và những người đối kháng vì họ công bố ông là kẻ thù của dân chúng nhằm hạn chế quyền lực của ông, mặc dù Caesar đã dốc lòng chinh phục thành công xứ Gaul và sáp nhập nó vào đế chế La Mã. Không còn đối thủ nào đáng kể sau cái chết của Pompey, Caesar trở về Rome với địa vị chính trị mới. Ông được bổ nhiệm làm thống chế và thành nhà lãnh đạo độc tài cùng điều hành công việc với một Viện Nguyên lão được cải tổ lại; đầu năm 44 TCN, Caesar được bầu làm lãnh đạo tối cao mãi mãi. Nhiệm kỳ ngắn ngủi đó chỉ kéo dài được vài tháng trước khi Ceasar bị một nhóm nghị sĩ sát hại, song ông đã kịp đưa vào nhiều cải tổ khôn ngoan mang tính xây dựng cao hợp thời hóa hệ thống lịch, cải biến luật La Mã và làm Nghị Viện dân chủ hơn cùng nhiều cải cách hợp lý khác.